Η ΕΠΣΗ ιδρύθηκε το 1929 στο Ηράκλειο Κρήτης και παλιότερα περιλάμβανε και τις ομάδες του νομού Λασιθίου,
επίσημα αναγνωρίστηκε από την ΕΠΟ το 1931[1]. Πρώτος πρόεδρος ήταν ο κ. Γεμιτζάκης. Μετά την απελευθέρωση πρόεδροι της Ένωσης διετέλεσαν οι Μανωλόπουλος, Παπαδάκης Αλέκος, Βουρεξάκης, Μαλαγαρδής, Πετρόπουλος, Νάθενας, Αγγελιδάκης, Ουρανός, Γιούρτος, Νεοφώτιστος, Ιατρός, Μαρσέλος, Μεταξάς, Παπαδάκης Ναπολέων,
Γερογιαννάκης, Βλαχάκης και Τζώρτζογλου (νυν πρόεδρος).
Πριν την ίδρυση της υπήρχε η Ποδοσφαιρική Ένωση Κρήτης (ΠΕΚ) που είχε ιδρυθεί το 1927 με έδρα το Ηράκλειο και ήταν υπεύθυνη για το ποδόσφαιρο όλης της Κρήτης[2].
Σήμερα η ΕΠΣΗ αποτελεί μία από τις μεγαλύτερες σε δυναμικότητα Ενώσεις της Ελλάδας και στη δύναμή της ανήκουν περισσότερα από 85 σωματεία. Έχει χρώματα το μπλε και τολευκό και έμβλημα τον αρχαίο «Γρύπα».
Βασικές διοργανώσεις της Ένωσης είναι το τοπικό ποδοσφαιρικό πρωτάθλημα σε τρεις κατηγορίες και το Κύπελλο Ηρακλείου,
στο οποίο μετέχουν οι ομάδες των τοπικών κατηγοριών, τα σωματεία-μέλη της Ένωσης που αγωνίζονται στη Δ΄ Εθνική
και οι ερασιτεχνικές ομάδες των μελών της Ένωσης που τυχόν αγωνίζονται στις επαγγελματικές κατηγορίες: Α΄ Εθνική, Β΄ Εθνική και Γ΄ Εθνική.
Επίσης, διοργανώνει το Κύπελλο Μάχης Κρήτης για μικρές ηλικίες. Πρόκειται για μία από τις παλιότερες διοργανώσεις της ΕΠΣΗ, που αρχικά ονομαζόταν Κύπελλο Ηρώων και μετείχαν ομάδες από όλη την Κρήτη.
Ο πρωταθλητής Ηρακλείου προβιβάζεται στον Όμιλο Κρήτης της Δ΄ Εθνικής.
Ο κυπελλούχος Ηρακλείου αγωνίζεται στο Κύπελλο Ερασιτεχνών Ελλάδος.
Επίσης, η Ένωση διοργανώνει πρωταθλήματα εφήβων και παίδων, εποπτεύει τις γυναικείες ποδοσφαιρικές ομάδες και συγκροτεί τη Μικτή ΕΠΣ Ηρακλείου που συμμετέχει σε αγώνες με τις μικτές άλλων Ενώσεων. Επίσης, διατηρεί ομάδα παλαιμάχων.
Η Ένωση απονέμει ετήσια έπαθλα στους καλύτερους σκόρερ και Κύπελλο Ήθους στις ομάδες με την καλύτερη βαθμολογία "ευ αγωνίζεσθαι" (fair play) της κάθε κατηγορίας.